By Ivano Zara |
Ivano Zara Ph.D proclamation in Padua curriculum vitae (IT) |
This 'BioZarIvan' site was created to host the main applications I developed and now included in the 'DnaPromix' platform.
Applications designed and partly developed during my collaborations with the Cribi of the University of Padua and with the BMR-Genomics company of Padua. In particular, I studied the DNA hybridization process by adopting the Nearest Neighbor method (SantaLucia, von Ahsen, Breslauer, Zuker, etc.) and developed applications to determine the thermodynamic parameters of hybridization. These applications have enabled the development of programs for HLA typing by PCR and/or sequencing. Furthermore, these applications have allowed the development of programs for the creation of primers for the PCR reaction and their thermodynamic analysis. During the collaboration with the BMR-genomics company I was able to delve into the complex archives of genomic variants with their frequencies and associated pathologies. With this knowledge I have developed programs (SNP-shot) that allow the analysis of genomic or exomic sequences of single individuals to identify particular polymorphisms. These programs are owned by BMR-Genomics. The knowledge gained in this area has allowed me to develop some applications (present on this site) for the analysis of human genomic variants. Not all the programs developed have been included on this site, some were developed with funds made available by companies or universities (example: programs for HLA analysis residents at Cribi or the SNP-Shot program at BMR genomics). 
In Italian language:
Questo sito 'BioZarIvan' nasce per ospitare le principali applicazioni da me sviluppate e ora inserite nella piattaforma 'DnaPromix'. Applicazioni pensate e in parte sviluppate durante le mie collaborazioni con il Cribi dell'Università di Padova e con la ditta BMR-Genomics di Padova. In particolare ho studiato il processo di ibridazione del DNA adottando il metodo Nearest Neighbor (SantaLucia, von Ahsen , Breslauer, Zuker, etc. ) e sviluppato applicazioni per determinare i parametri termodinamici di ibridazione. Queste applicazioni hanno permesso lo sviluppo di programmi per la tipizzazione dell'HLA mediante PCR e/o sequenziamento. Inoltre, queste applicazioni hanno permesso di sviluppare programmi per la creazione di primer per la reazione di PCR e la loro analisi termodinamica. Durante la collaborazione con la ditta BMR-genomics ho potuto approfondire i complessi archivi di varianti genomiche con relative frequenze e patologie associate. Con queste conoscenze ho sviluppato dei programmi (SNP-shot) che permettono l'analisi di sequenze genomiche o esomiche di singoli individui per individuare particolari polimorfismi. Questi programmi sono di proprietà di BMR-Genomics. Le conoscenze maturate in questo ambito, mi hanno permesso di sviluppare alcune applicazioni (presenti in questo sito) per l'analisi di varianti genomiche umane. Non tutte i programmi sviluppati sono stati inseriti in questo sito, alcuni sono stati sviluppati con fondi messi a disposizione da ditte o Università (esempio: programmi per analisi HLA residenti al Cribi oppure il programma SNP-Shot a BMR genomics). dr. Ivano Zara |
Some of these applications are / were also installed at Promix: CRIBI (University of Padua) |
